Introduzione
L'interfaccia web Biotagme permette all'utente di ricercare uno o più termini biomedici nel database.
Paper Search
La pagina Paper Search permette all'utente di ricercare uno o più termini biomedici nel database.
Una volta inserito il termine nella barra di ricerca, cliccando sul bottone Search oppure premendo il tasto Invio, l'utente verrà reindirizzato nella pagina dei risultati.
Esiste la possibilità che i termini ricercati dagli utenti non siano ancora a disposizione nel database, in questo caso l'utente potrà decidere se "sottomettere" o meno un nuovo job.
Altra funzionalità offerta dalla homepage è di settare i parametri n, l, ε e ρ e fare il submit della ricerca.
Risultati
La pagina dei risultati mostra tutti i papers presenti nel database Pubmed correlati alla ricerca effettuata; per ogni articolo biomedico sono mostrati i tag originali estratti dall'abstract tramite l'algoritmo di Tagme (P.Ferragina and U.Scaiella), e i tag predetti calcolati attraverso l'algoritmo di predizione DT-Hybrid (Alaimo ed al., 2013).
I titoli degli articoli estratti sono collegati tramite link a Pubmed, questo offre la possibilità di consultare i relativi abstract; tag originali e tag predetti, invece, fanno riferimento a pagine della versione inglese di Wikipedia.
Ad ogni tag predetto viene associato uno score indicativo di quanto il termine sia coerente ontologicamente con l'articolo, trattandosi di una misura di correlazione ad un numero più piccolo corrisponde un tag predetto più significativo.
Nella pagina di consultazione dei risultati all'utente è permesso scegliere una soglia di pValue, settato di default a 0.01, ed ordinare i papers per correlazione (Fig.1).
Figura 1 - Ordinamento
Inserimento job
Nel caso in cui la ricerca non sia già presente nel database, una finestra informa l'utente della possibilità di inserire un nuovo job, facoltativamente può lasciare la propria email sulla quale verrà inoltrata una notifica a ricerca ultimata (Fig.3).
Figura 3 - Inserimento job
Opzioni avanzate
L'interfaccia permette di settare i parametri dello script runbiotagme.R, a seguire una breve descrizione (Fig.4):
- n: numero massimo di papers estratti da Pubmed
- l: numero massimo di associazioni da predire
- ε: parametro di tune del processo di disambiguazione (range [0, 0.5]).
- ρ: valore associato ad ogni annotazione attraverso il quale ordiniamo i tag per significatività (range[0, 1]).
I valori di default dei parametri di runbiotagme sono quelli mostrati sotto.
Figura 4 - Opzioni avanzate
Tag Search
La pagina Tag Search permette all'utente di ricercare uno o più termini biomedici nel database.
Una volta inserito il termine nella barra di ricerca, cliccando sul bottone Search oppure premendo il tasto Invio, l'utente verrà reindirizzato nella pagina dei risultati.
Sotto la barra di ricerca è presente il Tag Cloud, uno strumento utile che raccoglie i tag più ricercati. Cliccando su uno di essi, quest'ultimo verrà aggiunto alla barra di ricerca.
Risultati
La pagina dei risultati mostra tutti i papers presenti nel database Pubmed correlati alla ricerca effettuata; ogni articolo biomedico può essere validato o predetto e vengono mostrati gli autori, ed una misura di correlazione.
I titoli degli articoli estratti sono collegati tramite link a Pubmed, questo offre la possibilità di consultare i relativi abstract.
Nella pagina di consultazione dei risultati all'utente è permesso filtrare i tag validati/predetti, ed ordinare i papers per correlazione (Fig.5).
Figura 5 - Ordinamento
Automatic Bibliography
TODO
Risultati
TODO
Figura 6 - Example
Figura 7 - Example